Серед імен, пов’язаних із Переяславським колегіумом, по праву можна пишатись його вихованцем Шишацьким Григорієм Сепановичем, чернече ім'я Варлаам – першим ректором Переяславського колегіуму та Новгород-Сіверської семінарії, єпископом Володимирським і Житомирським, архієпископом Могилівським і Вітебським.
Народився Варлаам Шишацький у 1750 р. в місті Шишаки Миргородського повіту Полтавської губернії в сім'ї паламарчука Спасо-Преображенської церкви Степана Шишацького. Початкову освіту здобув у Переяславському колегіумі. Потім продовжив навчання у Києво-Могилянській академії, де прослухав повний курс академічних наук, закінчив навчання у числі найкращих випускників. Повернувшись до Переяслава, став викладачем синтаксими й граматики в Переяславському колегіумі. У Переяславі в 1776 р. Шишацький прийняв чернечий постриг. Невдовзі був призначений ігуменом Мошногірського Вознесенського монастиря (нині село Мошни Черкаського р-ну, Черкаської обл.) на той час Переяславської єпархії. Згодом переходить до Переяславського Михайлівського монастиря, стає його ігуменом і настоятелем, керує ним до 1785 р., був цензором проповідей і членом Переяславської консисторії. В цей період він продовжує і викладацьку діяльність у колегіумі. У 1781 р. за єпископства Іларіона Кондратковського в колегіумі було відкрито вищий клас богослов'я, першим вчителем богослов'я став Варлаам Шишацький. З відкриттям у колегіумі філософського (в 1773 р. при єпископі Іові Базилевичу) і богословського класів відбулися посадові зміни – замість префекта була заснована вища посада – ректора. Першим ректором призначають Варлаама Шишацького, який перебував на цій посаді до 1785 р.
У серпні 1785 р. було ліквідовано Переяславсько-Бориспільську єпархію. Значна частина її увійшла до новоствореної Новгород-Сіверської єпархії. Шишацький разом з єпископом Ілларіоном Кондратковським переїхав до Новгорода-Сіверського. Там він потрапив до інтелектуалів-патріотів. Очевидно саме тут зміцніли національна свідомість Шишацького і бажання боротись за відродження української церкви й держави. У Новгороді-Сіверському він – перший ректор новоствореної семінарії й ігумен Макошинського Миколаївського монастиря (тепер Менського р-ну Чернігівської обл.), де перебував до 1787 р. Згодом його призначено керувати Віленським Святодухівським монастирем. Тут Шишацький опинився в центрі польсько-російських змагань за православну церкву в Литві і Білорусі. Ряд постанов польського сейму, спрямованих проти православної церкви, й вимоги до православного духовенства скласти присягу на вірність польському королю викликали спротив Шишацького. 1789 р. він виїздив до архієпископа Г. Кониського в Мінськ, а згодом у Могильов. Саме в цей час у нього викристалізовується ідея автокефальної руської (тобто української та білоруської) православної церкви, незалежної від Москви й Польщі, під зверхністю Константинопольського патріарха. Його підтримало духовенство Правобережної України і Білорусі. Росії це було не до вподоби. Шишацькго відправили подалі від України. У 1789-1791 рр. його призначено архімандритом Новгородського Кирилівського монастиря, потім переведено до В'ятицького Миколаївського монастиря Новгородської єпархії. Одночасно він займає також посаду префекта Новгородської семінарії, а з 1793 р. - архімандрита Дятловицького Спасо-Преображенського монастиря.
У червні 1795 р. Шишацького було хіротоновано на єпископа Житомирського і вікарія нової Мінської єпархії. І тут не забуває він про свою просвітницьку діяльність: влаштовує в Острозі при Преображенському монастирі «єпаршиську» семінарію з 4 класів. З 1799 р. він займає посаду єпископа Волинського і Житомирського, з 1805 р. – єпископа, а згодом з 1808 р. архієпископа Могилівського та Вітебського.
В. Шишацький був одним із головних і активних прихильників української автономії й незалежності України, які активізувались під час російсько-французької війни 1812 р. З огляду на це він мав підтримку Наполеона.
Московський уряд жорстоко покарав В. Шишацького. Після відступу французької армії його було віддано до суду, за рішенням якого, підтвердженим імператором Олександром I (1.05.1813 р.) та Синодом (5.05.1813 р.) його позбавлено єпископства, священства, ордена св. Анни І ст. 29 червня 1813 р. у Троїцькому кафедральному соборі архієпископ Чернігівський Михайло Десницький за указом Синоду провів церемонію позбавлення Шишацького сану. Після цього Шишацький, як простий чернець, прожив у Новгород-Сіверському Спасо-Преображенському монастирі в келії над брамою ще 7 років. Виконував обов'язки дзвонаря й привратника.
Помер В. Шишацький майже сліпим 23 липня 1820 р. Похований у Новгород-Сіверському Спасо-Преображенському монастирі.
На прикладі діяльності Варлаама Шишацького ми можемо простежити ідейні та світоглядні переконання елітних груп українського духовенства, зокрема, їх бажання боротися за відродження української соборності та державності.
Молодший науковий співробітник НДВ «Меморіальний музей Г.С.Сковороди» В.В. Нікітіна